心腦血管內科是我院重點發展的臨床科室，設有冠心病、高血壓病、高原病、內分泌醫療組，主治冠心病，急、慢性心力衰竭，心律失常，心肌梗塞，肢體靜脈血栓，高血壓病及其并發癥，急、慢性高原病，同時還開展了腦血管、神經病變、糖尿病、甲亢、甲減等內分泌系統疾病的治療。配備有心導管室、心功能室、心電圖室、彩超室、放射影像檢查室等，現有醫護人員38名，其中專業醫師12名，設有2個獨立門診、3個病區，開放床位116張。
未來還將在冠心病介入治療、心臟電生理、血脂異常與動脈硬化等方面發展。同時針對高原開展一系列特色門診，并積極開展國際國內合作與交流，努力將阜康心血管內科建設成為醫、教、研為一體的先進科室，為高原患者提供卓越的醫療服務及優質的護理服務。
我國目前心腦血管病死亡占城鄉居民總死亡原因的首位，農村為44.8%，城市為41.9%。西藏地處高原，心腦血管疾病尤為突出，心血管病的疾病負擔日漸加重，已成為重大的公共衛生問題。為了讓西藏心腦血管疾病患者能得到及時治療 ，縮小與內地醫療差距，我院將持續加大心腦血管內科的建設力度，為高原心腦血管疾病患者帶來希望。
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